这样的一个皇家猎场，本以为会远离政治，但是明朝末年在这里发生的一件事，间接导致了明朝的灭亡。
那时，后金的实力逐渐强大，多次与明军展开战争。崇祯二年，蓟辽督师袁崇焕镇守辽东，他布置的宁锦防线坚不可摧，成为后金铁骑南下难以逾越的屏障，皇太极率领的后金军队只好取道蒙古，破长城迂回千里奔袭北京。袁崇焕立即率领大军前往支援京师，与皇太极血战。
皇太极受挫后，退军驻扎在南海子，形势对后金十分不利，袁崇焕成为皇太极的心腹大患。这时，皇太极想到了离间计，他派守卫在关押明朝太监的帐篷外窃窃私语，却又刚好能让太监听见。谈论内容的大意是袁崇焕已与皇太极达成密议，由袁崇焕做内应，一举夺下京城。然后守卫再故意让太监逃跑回京城禀报崇祯皇帝。崇祯皇帝在听到这一消息后，派人逮捕了袁崇焕，不久之后，袁崇焕以通敌叛国罪被凌迟处死。袁崇焕临刑之前还感叹：“死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。”失去袁崇焕后，辽东防线被瓦解，最终导致明朝灭亡。
袁崇焕
到了清朝，南海子改称南苑，虽然后来陆续建起了西苑、北苑，但这里仍是当时北京地区最大的猎场。皇帝们还特意在此修建行宫，以供他们登临眺望将士围猎，甚至处理一部分政务。顺治和康熙先后将明宣德年间修的两座提督衙门改建为行宫，分别称“旧衙门行宫”和“新衙门行宫”，乾隆又在黄村门内团河一带修建了团河行宫。
后来，随着避暑山庄的建立，清朝的许多政治活动及军事活动由关内转向了关外，南苑更多的功用是军事演练场。
19世纪末，永定河决口泛滥，南苑城墙多半坍塌，珍奇异兽也因此散失，南苑逐渐萧条。1900年秋，八国联军进北京后曾在这里烧杀抢掠。《辛丑条约》签订后，为了偿还赔款，清朝在南苑设官产局分割出卖土地，南苑作为皇家猎苑的历史从此终结，只留下一些村庄和地名。
此后，南苑居民逐渐增多，形成集镇，名为南苑镇。由于南苑镇位于京城正南端，素有“天安门前第一镇”之称。民国初年，军队占据南苑，将其辟为兵营。至今这片地区还有“三营门”、“六营门”等地名，鸡鸣胡同就在三营门地区。
