康熙初年，利类思和安文思重建了东堂，将原本的中式建筑改建为西式风格的建筑。
康熙三年，徽州府新安卫官生杨光先为谋求钦天监监正的职位，向辅政大臣鳌拜递交《请诛邪教状》，指控汤若望历法不准，为七年前入葬的荣亲王选择葬期、山向“俱犯杀忌”。康熙四年，汤若望、利类思、安文思等被判入狱，北京城内掀起了反天主教的浪潮。在这次反天主教的浪潮中，王府井天主堂受到了较大的破坏。
入狱后的传教士们一直没有放弃为自身辩护的权利，利类思还写出了《不得已辨》等文章，对杨光先进行驳斥。康熙五年，汤若望去世。康熙六年，康熙皇帝亲政，以鳌拜为首的辅政大臣在与康熙的权力斗争中失利，受辅政大臣庇护的杨光先被罢官，由他掀起的教案和相关人员被平反，一度被没收的王府井天主堂发还教会。
被平反后，利类思和安文思一直供奉朝廷，直到分别于康熙二十二年和康熙十六年去世。
康熙五十九年，北京发生地震，王府井天主堂被毁。康熙六十年，王府井天主堂被重建，由意大利的建筑师利博明设计，清朝宫廷画师郎世宁负责建筑中的绘画和装饰，当时的教堂门窗都有彩色玻璃花窗装饰，堂内圣像很多出自郎世宁之手，有着极高的艺术价值。
