1473年，金刚宝座塔才终于建成了。这是座高台上建有五塔的特殊类型佛塔，因此真觉寺也成为五塔寺。起初，寺内有大小殿宇搂阁200多间。塔座上雕刻有精美的梵文，内容十分丰富，共有五方坐像1561尊，还有菩萨、天王、罗汉等人物形象和五方佛的坐骑，狮子、孔雀、金翅鸟、大象、马等造型。
宝塔内也非常讲究，有44级台阶，盘旋而上，通向宝座顶上的罩亭。值得一提的是，中央小塔的塔座南面正中间，刻有“佛足”一双，表示佛足遍天下，这种“佛足”雕刻在国内已经不多见了。
不幸的是，清末时候金刚宝座塔遭了火灾，只有塔幸存下来。目前，国内现存的塔寺中，时代最早，造型最精美的，还要属这座金刚宝座塔。
20世纪三十年代，真觉寺只剩下金刚宝座塔和塔前的两株古银杏树，独自屹立在长河北岸。随着1987年年北京石刻艺术博物馆的设立，才逐渐形成了今天的建筑布局。博物馆建成后，展出了500多种历代石刻文物，加上库藏历代石刻，有上千种之多。
