当了校长之后，马相伯追求的是“中西融通、古今汇合”的教育理念，培养目的是全人，尤其是在理智方面的成熟与智慧。他关注的是德行高尚、学问渊博的“人”，而不是获得做题技巧的“分”。
他将课程分为两类，文学与质学（即科学），每一类中又分主课与附课。整个体系涵盖领域极广，从拉丁文、希腊文，到财政学、公法，从数学、物理学，到园艺、绘画、歌咏等等。
在所有的课程中，马相伯最看重语言、哲学和数学。他认为，西方哲学思潮可以帮助“发明光大我国之学术者”。因此，他亲自编撰了《拉丁文通》、《马氏文通》和《致知浅说》，将中西方人文思想融汇其中。
在校务行政上，马相伯大胆实行“学生自治制”，由学生们推选一些代表以委员会的方式参与学校行政管理，真格儿的自主管理。他强调，学校是学生的学校，“我的学校我做主”，培养学生的管理和领导能力。
马相伯对教育的一片痴情袒露无遗，这位最伟大 的“爱国老人”，通过演讲和文章一度担当起中国社会的良知。
1939年是马相伯百岁诞辰，4月6日全国各地举行遥祝典礼。中共中央特致贺电，称他为“国家之光，人类之瑞”。
“国无宁日，民不聊生，老朽何为，流离异域。正愧无德无功，每嫌多寿多辱！”他亲笔写到。
“我只是一只狗，只会叫，叫了一百年，还没有把中国叫醒！”
这是他在病重时的一句话，从中不难看出先生的担忧与无奈。10月下旬，病势进一步加剧。11月4日，噩耗传出，马老先生与世长辞，举国哀悼。
相伯先生的精神，正是我们中华民族的精神。——邵力子
光荣归上帝，生死护中华。——于右任
